Molekularna heterogenność w ostrym odrzuceniu allograftu nerkowego Zidentyfikowana przez profilowanie mikromacierzy DNA czesc 4

Wzory ekspresji genów w normalnej korze i rdzeniu scharakteryzowano w próbkach uzyskanych z całkowitego rozwarstwienia zdrowych nerek (uzupełnienia uzupełniające). Wykluczenie danych z genów, których ekspresja była silnie skorelowana z głębokością biopsji, nie zmieniło składu skupień próbek (uzupełnień uzupełniających). Grupowanie biopsji allograftowych według profilu ekspresji genów
Tabela 1. Tabela 1. Charakterystyka patologiczna i kliniczna 52 próbek biopsyjnych z dysfunkcyjnych nerek. Zidentyfikowaliśmy cztery grupy wzorców ekspresji w próbkach biopsji, które zasadniczo odpowiadały ściśle kategoriom kliniczno-patologicznym (rys. i tabela 1). Zauważono, że próbki biopsyjne od pacjentów z ostrym odrzuceniem mają względną niejednorodność cząsteczkową. W przeciwieństwie do próbek pochodzących z normalnej nerki lub pacjentów z przewlekłą neoporozą aloprzeszczepową, toksycznymi działaniami leków lub infekcjami, próbki od pacjentów z ostrym odrzuceniem były rozproszone wśród trzech z czterech głównych klastrów. Chociaż jedna odmienna grupa (grupa A) składała się wyłącznie z próbek od pacjentów z ostrym odrzuceniem, pozostałe 14 z 26 próbek od takich pacjentów było rozproszonych w klastrach B i C.
Wszystkie próbki od pacjentów z kliniczno-patologiczną diagnozą efektów toksycznych leków lub infekcji zostały zgrupowane w skupieniu B. Wszystkie próbki od pacjentów z przewlekłą alloprzeszczepową nefropatią zgrupowano w gromadzie C, a wszystkie próbki w tej grupie wykazały kliniczno-patologiczne dowody przewlekłej nefropatii aloprzeszczepowej (w niektóre przypadki z towarzyszącym ostrym odrzuceniem). Wszystkie próbki biopsji z normalnych nerek zgrupowano w gromadzie D, a tylko normalne próbki znaleziono w tej grupie. Podział próbek na te cztery skupienia odzwierciedla tylko ułamek odmian molekularnych między nimi: w obrębie każdego z tych klastrów zaobserwowano rozległe zmiany wariancji w ekspresji genów (sygnatury ekspresji genów dla każdego skupienia są dostępne na stronie http: // genome-www.stanford.edu/rejection/ lub National Auxiliary Publications Service (NAPS) Skupiliśmy się na szczegółowej analizie molekularnej charakterystyki próbek od pacjentów z ostrym odrzuceniem.
Molekularna heterogeniczność ostrego odrzucenia
Przeanalizowaliśmy charakterystyczne wzorce ekspresji genów, które odróżniały 26 próbek biopsji od pacjentów z ostrym odrzuceniem. Istniały znaczące różnice między tymi próbkami a tymi z prawidłowej nerki w ekspresji 586 genów, reprezentujących 64 procent wszystkich analizowanych 912 unikalnych genów; mediana współczynnika fałszywych odkryć wynosiła 12 procent lub 68 genów (współczynnik fałszywego wykrywania lub procent genów zidentyfikowanych przypadkowo jest obliczany jako liczba mediana (lub 90. percentyl) fałszywie zidentyfikowanych genów podzielona przez liczbę genów osiągających istotność poziomy ekspresji różnicowej18). Różne poziomy ekspresji wielu z tych genów sugerują różną liczebność charakterystycznych populacji komórek, takich jak limfocyty T i B, komórki NK, makrofagi i komórki śródbłonka.
Co najmniej trzy różne grupy próbek pobranych od pacjentów z ostrym odrzuceniem, które nie zostały zróżnicowane pod mikroskopem optycznym, można zdefiniować przez nienadzorowane hierarchiczne grupowanie na podstawie wszechobecnych różnic w ich profilach ekspresji genów: ostre odrzucenie typu I, które wyznaczyliśmy jako AR-I (grupa A, stanowiąca 12 próbek biopsji, z jednym powtórzonym doświadczeniem), ostry odrzucenie typu II (oznaczony jako AR-II, klaster B, stanowiący 9 próbek biopsji, z których 5 pochodziło od pacjentów, którzy byli częściowo leczonych w momencie biopsji) i ostrego odrzucenia typu III (oznaczonego jako AR-III, klaster C, co stanowi 5 próbek biopsji)
[podobne: ośrodek leczenia uzależnień toruń, leczenie kanałowe pod mikroskopem kraków, wybielanie zębów przeciwwskazania ]
[więcej w: tarcza zastoinowa, piotr nowakowski urolog, elmed legionowo ]