Molekularna heterogenność w ostrym odrzuceniu allograftu nerkowego Zidentyfikowana przez profilowanie mikromacierzy DNA cd

Określono gęstość komórek na pole dużej mocy i liczbę poletek o dużej mocy na rdzeń. Dla każdej próbki zidentyfikowano pojedyncze pole o dużej mocy z najwyższą liczbą komórek CD20 + i liczbę komórek większą niż 275 i mniejszą niż 100 wybrano arbitralnie jako definicje statusu CD20 + i CD20 – tak, że wysoki próg był większy niż 2,5 razy niższy próg. Informacja uzupełniająca
Dodatkowe informacje na temat metod, obrazów immunohistochemicznych i metod analitycznych są dostępne jako dodatki uzupełniające na stronie http://genome-www.stanford.edu/rejection/ lub w National Auxiliary Publications Service (NAPS). Dane są dostępne w Gene Expression Omnibus (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo).
Wyniki
Grupowanie próbek
Rysunek 1. Rysunek 1. Hierarchiczne grupowanie 1340 transkryptów w 67 próbkach biopsji na podstawie podobieństwa wzorca ekspresji genów (panel A) i dendrogramu pokazującego stopień pokrewieństwa próbek (panel B). Łącznie 59 próbek pochodziło od dzieci biorących udział w allometrii nerkowej, a 8 pochodziło od dawców. W panelu A geny (rzędy) i próbki (kolumny) uporządkowano na podstawie ogólnego podobieństwa wzorca ekspresji przez badaczy, którzy nie byli świadomi diagnoz klinicznych. Wybraliśmy 1340 komplementarnych fragmentów DNA po filtrowaniu (w przypadku nieflagowanych plam o intensywności fluorescencji ponad 2,5 razy większej niż w tle, geny o technicznie adekwatnych pomiarach w ponad 75 procentach wszystkich próbek i poziomy matrycowego RNA różniące się od mediany o co najmniej współczynnik 2,9 w co najmniej sześciu próbkach). Kolorowe paski po prawej stronie diagramu wskazują klastry (oznaczone jako A, B, C i D) z wysoką oceną dyskryminacji. Stopień pokrewieństwa wzorów ekspresji w próbkach biopsji jest reprezentowany przez dendrogram na górze panelu. Kolor w każdej komórce odzwierciedla poziom ekspresji odpowiedniego genu w odpowiedniej próbce, w stosunku do średniego poziomu ekspresji w całym zestawie próbek biopsyjnych. Szare obszary przedstawiają brakujące lub wykluczone dane. Skala (pokazana w prawym dolnym rogu) rozciąga się od stosunków obfitości transkryptów od 0,25 do 4 względem średniej dla wszystkich próbek. W panelu B replikować próbki z tego samego pacjenta (2 i 3) zebrane razem, wskazując, że eksperymentalny szum i artefakty spowodowane przez operowanie lub przetwarzanie tkanki są w tej analizie nieistotne. AR-I oznacza ostre odrzucenie typu I, ostre odrzucenie II typu AR i ostre odrzucenie III typu AR-III.
Profile ekspresji genów 67 próbek alloprzeszczepu-biopsji zostały porównane przez hierarchiczne grupowanie próbek zgodnie z korelacją w ich wzorach ekspresji w 1340 wybranych komplementarnych fragmentach DNA (cDNA), reprezentujących około 912 genów (Figura i suplementy dodatkowe). Ogólnie rzecz biorąc, próbki biopsyjne od pacjentów z podobnymi diagnozami klinicznymi zgrupowano razem na podstawie odpowiadających im podobieństw w ekspresji genów, niezależnie od schematu immunosupresyjnego, jaki przyjmował pacjent. Możliwość porównywania różnicowego pobierania próbek z rdzeni i regionów korowych w celu zaobserwowania zmienności molekularnej została rozwiązana poprzez porównanie tych danych z tymi uzyskanymi z badania zmienności ekspresji genów w różnych regionach nerki.
[podobne: gumtree bydgoszcz, dentysta toruń cennik, lista darmowych leków dla 75 latków ]
[podobne: sprawdzenie kolejki do sanatorium, świerzbiączka guzkowa, gumtree bydgoszcz ]