Koronawirusowe sekwencje genomowo-sekwencyjne i epidemiologia zespołu ostrej niewydolności oddechowej

Nasz szpital lekarski był miejscem poważnego wybuchu ciężkiego zespołu ostrej niewydolności oddechowej (SARS). W tym wybuchu zsekwencjonowaliśmy wyizolowane wirusy wyhodowane z próbek klinicznych od siedmiu pacjentów z SARS. Izolaty wirusa pochodziły z pasażu koronawirusa SARS hodowanego w komórkach Vero.2 Otrzymaliśmy pełną genomową sekwencję wirusa hodowanego z matki pacjenta indeksu w tym wybuchu szpitalnym (izolat Su-10, numer dostępu GenBank AY282752). Objawy matki rozpoczęły się 5 marca 2003 r .; zmarła 13 kwietnia 2003 r. Zsekwencjonowaliśmy również gen glikoproteiny spike z izolatów wirusa hodowanych z sześciu kontaktów pacjenta wskaźnikowego, a wszystkie te sekwencje były identyczne jak izolatu Su-10.
Ryc. 1. Ryc. 1. Porównanie sekwencji dwóch szczepów koronawirusa SARS wyizolowanego od pacjentów w Hongkongu na początku epidemii. Ta schematyczna reprezentacja organizacji genomalnej koronawirusa ostrej niewydolności oddechowej (SARS) pokazuje tylko wybrane otwarte ramki odczytu (orf), w tym orf 1ab (w tym polimeraza), S (glikoproteina spike), E (białko otoczki), M ( białko błonowe) i N (białko nukleokapsydu). Pokazano zmiany sekwencji w siedmiu pozycjach między dwoma szczepami wirusa (Su-10 i CUHK-W1). Pozycje nukleotydów ponumerowano zgodnie z sekwencją opublikowaną przez Centra Kontroli i Zapobiegania Chorobom (izolat CDC-Urbani, numer dostępu GenBank AY278741) .3
Aby zbadać, czy w chwili wybuchu epidemii istniały inne szczepy koronawirusa SARS w Hongkongu, zsekwencjonowaliśmy gen glikoproteiny spike z izolatów wirusa pasażu hodowanego od czterech innych pacjentów z SARS, którzy nie mieli kontaktu z pacjentem wskaźnikowym. Zmienności sekwencji obserwowano dla dwóch nukleotydów (pozycje 21721 i 22222) (Figura 1) w jednym izolacie (izolat CUHK-W1) i przy jednym nukleotydu w dwóch innych izolatach. Ponieważ hodowanie powinno wprowadzić mutacje, porównaliśmy te sekwencje z innymi sekwencjami koronawirusowymi SARS w GenBank. Dwie obserwowane zmiany nukleotydów w genie glikoproteinowym CUHK-W1 można było również zaobserwować w kilku innych izolatach (numery dostępu GenBank AY278489, AY278488 i AY278487), więc były mało prawdopodobne, aby były artefaktami pochodzącymi z hodowli. CUHK-W1 został wyhodowany od pacjenta, który odbył podróż do Shenzhen w prowincji Guangdong w Chinach, sześć dni przed wystąpieniem objawów 15 marca 2003 roku. Dlatego zsekwencjonowaliśmy izolat całkowicie (numer dostępu GenBank AY278554). Spośród 10 obserwowanych różnic nukleotydowych między Su-10 i CUHK-W1, 7 obserwowano również w co najmniej jednym innym izolacie w GenBank (Figura 1).
Nasze dane pokazują, że od czasu pierwszych raportów SARS z listopada 2002 r. W prowincji Guangdong pojawiły się 4 co najmniej dwa szczepy koronawirusa SARS. Jest to istotne epidemiologicznie, że nawet do połowy marca 2003 r. Te dwa szczepy koronawirusa SARS znaleziono już u pacjentów w Hongkongu. Ta obserwacja oznacza, że na początku epidemii SARS w Hongkongu było więcej niż jedno źródło infekcji. Dlatego nawet jeśli w hotelu Metropole nie doszłoby do wybuchu epidemii, 5 SARS prawdopodobnie wybuchnęłoby w końcu w Hong Kongu Wyniki te podkreślają potrzebę czujności, aby zapobiec ponownemu pojawieniu się tej choroby. Wyniki pokazują także przydatność sekwencji glikoproteinowych kolców jako narzędzia epidemiologicznego.
Stephen KW Tsui, Ph.D.
Stephen SC Chim, Ph.D.
YM Dennis Lo, DM
Chiński Uniwersytet Hongkongu, Shatin, Nowe Terytoria, Hongkong
[E-mail chroniony] edu.hk dla chińskiego Uniwersytetu Hong Kongu (CUHK) Molecular SARS Research Group

5 Referencje1. Lee N, Hui D, Wu A, i in. Poważny wybuch ciężkiego zespołu ostrej niewydolności oddechowej w Hong Kongu. N Engl J Med 2003; 348: 1986-1994
Full Text Web of Science MedlineGoogle Scholar
2. Peiris JS, Lai ST, Poon L, i in. Koronawirus jako możliwa przyczyna ciężkiego zespołu ostrej niewydolności oddechowej. Lancet 2003; 361: 1319-1325
Crossref Web of Science MedlineGoogle Scholar
3. Rota PA, Oberste MS, Monroe SS, i in. Charakterystyka nowego koronawirusa związanego z ciężkim zespołem ostrej niewydolności oddechowej. Science 2003; 300: 1394-1399
Crossref Web of Science MedlineGoogle Scholar
4. Aktualizacja: wybuch ciężkiego zespołu ostrej niewydolności oddechowej – na całym świecie, 2003. MMWR Morb Mortal Wkly Rep 2003; 52: 241-6, 248
MedlineGoogle Scholar
5. Tsang KW, Ho PL, Ooi GC, i in. Grupa przypadków ciężkiego zespołu ostrej niewydolności oddechowej w Hong Kongu. N Engl J Med 2003; 348: 1977-1985
Full Text Web of Science MedlineGoogle Scholar
(39)
[podobne: badania biologiczne, lekarz z mongolii kraków, choroby kur objawy ]
[hasła pokrewne: vimed warszawa, pękające opuszki palców, niski poziom neutrofili ]